新潟県新発田市に存在していた新発田城は，別名菖蒲城とも呼ばれた平城である。
同城がいつ頃築城されたのかその詳細は不明なのであるが，鎌倉幕府成立に功績のあった佐々木盛綱の傍系新発田氏が築城したとされ，代々同氏の居城とし，新潟津から三条島まで支配する国人領主に成長，新発田長敦の時代には上杉謙信に仕え，七手組の大将の一人として有名を馳せていた。
上杉謙信没後も長敦は跡を継いだ上杉景勝に仕え，御館の乱（天正6年（1578年））でも景勝を支持したほか，外交手腕を発揮し弟の重家と活躍したのだが，上杉氏内部が混乱していた時期に重なっていたこともあり，十分な恩賞を得ることのできないまま天正8年（1580年）病没してしまう。
その跡を継いだ重家が不満を募らせているのを見た蘆名盛隆と伊達輝宗は様々な工作を実施した結果，天正9年（1581年），重家は上杉氏に反乱を起こす。
同時期，西側からは織田氏の侵攻を受けていた上杉氏はすぐに重家の反乱に対処することができず，いたずらに時間ばかりが過ぎ，新発田氏が有利に戦いを進めていた。
しかし，織田信長の横死（天正10年（1582年）），蘆名盛隆の急死（天正12年（1584年）），そして伊達輝宗の隠居に伴い家督を継いだ政宗の蘆名侵攻（天正13年（1585年））により，新発田氏は少しずつ不利な情勢に傾いていく。
そして，天正14年（1586年）には上杉氏は豊臣秀吉に臣従，強力な後ろ盾を得ることになる。この頃になると新発田氏は兵糧が欠乏し始め，戦力が大きく低下しはじめていった。
天正15年（1587年），景勝は1万を超える大軍で新発田城を取り囲むと同時に周囲の支城を次々と攻略，ついに同城は孤立することになる。
重家は城内で最後の宴を開くと城を打って出て，全昌寺境内にある色部長真の陣に突入，「親族のよしみで我が首を与える」と叫ぶと甲冑を脱ぎ捨て自刃して果て，この際，新発田城も落城した。
その後，慶長2年（1597年），上杉氏が越後から会津に移封されると，溝口秀勝が新発田の地に6万石で入封，拠点を新発田城と定め，新たに築城を開始する。
城として完全な形となったのは承応3年（1654年）の頃のことといい，藩庁として機能することになるのだが，寛文8年（1668年）と享保4年（1719年）の2度，火災により建物に被害を受けるが，その後再建された。
同城は明治維新後，大日本帝国陸軍の部隊が置かれたこともあり，現在は陸上自衛隊の駐屯地となっており，自衛隊敷地にある三階櫓の内部は公開されていないが，その他の遺構は見れるほか，周囲には城址公園が整備され，憩いの場となっている。
ところで，同城周囲で悲劇的な最後を遂げた新発田重家だが，かつては幽霊として現れていたと噂されていたそうである。
また，同城自体にも，武士の幽霊が現れたという噂もあるようである。
戦国時代か，または藩政時代の幽霊かは不明であるが，何かしら出るところと噂されているようである。
